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- 目标位姿 → 可交付构型
- 全链 0 冲突 · gap ≤1.5 Å
- 单例 30 秒–3 分钟（CPU）
生命分子构型构造：三步，从目标位姿到结构
预检 → 6-DOF 构造 → OpenMM 收尾。右侧直接拖滑块，看 AdK 如何被构造出来。
可行域与路径：先看地图，再构造
两自由度扫描：回答“能不能到、哪条路最紧、卡在哪”。拖动滑块或点热力图格子；441 格约 7 秒，独立复跑脚本逐点偏差 0.00e+00。
这是两自由度扫描（地形）：只算余量 φ 与路径，不闭合、不收尾、不输出 PDB。给定目标位姿的交付构造见上方「交付案例」里的 4AKE→1AKE——两者不是同一套方法。 完整说明 →
CA 主链：灰 = CORE（不动）｜青 = LID｜黄 = NMP；淡点 = 闭合态（目标）
21×21 格点：颜色 = 余量 φ（越亮越紧）；白线 = 最优路径；白框 = 当前格子
0.00
0.00
- φ
- —
- 新增接触（唯一对）
- —
正在加载数据…
数据 data/adk/view.json（引擎导出，完整数据见 case.json）｜复跑 data/adk/repro.py（纯 numpy 独立实现，逐点偏差 0.00e+00）
和别的体系不同
同一个构型，问法不同：它们预测、采样、打分；我们构造并判定。
| 体系 | 它回答 | 我们回答 |
|---|---|---|
| AlphaFold / 生成模型 | 序列 → 结构（预测） | 结构 ＋ 目标位姿 → 可交付构型（构造） |
| MD | 时间演化、自由能 | 几何闭合；单例 30 秒–3 分钟 |
| Docking / 打分 | 结合强弱、排序 | 不评分；三态判词 ＋ 动作码 |
| Rosetta / loop modeling | 能量采样 | 几何闭合 ＋ 局部收尾；确定性 |
| 数据拟合 | 拟合参数 | 构造性不可能 / 缺口分类 |
三条不替代：不跑时间、不猜未给定的结构；判据不用能量，OpenMM 只在最后做局部收尾、不参与判定。构造失败的，回到预检看是哪一步不可达，而不是换模型再试。
证据与边界
上面是承诺；这里是支撑它的覆盖度。覆盖度不是准确率。
切点扫描
45 / 63 格全链 0
单模板 4AKE，21 切点 × 3 角度；≤3 冲突 45/63。
案例
5 个案例：4 个 0，1 个 ≤3
AdK / PKA / ABL / CaM 全链 0；EGFR 残余 2 对。
多模板
4 / 5 模板 ≥40%
1ATP 例外：多链＋抑制剂，只动 A 链。
这些数字回答“我们做到过什么”，不回答“对任何目标都成立”。 单模板、单切点、无能量；实验对账只有 AdK 一例真正改善，且是“比模板更接近”，不是“命中实验”。
两条批量线
从“一个结构”到“一批结构”：先过质量门，再做构造。
体系与领域（背景）
下面保留原有的体系介绍、蛋白质折叠、核心概念与数据。
体系介绍
蛋白质折叠
四个真实系统：从结构数据到构型构造，每一步都可复跑。
核心概念
八个概念，构成这套体系的词汇表
构型
一个结构在几何上的整体形态；与坐标选取无关。
位姿
目标构型相对模板的刚体位置与朝向：R,t 或 轴＋角。
截面
每个底点上取一组纤维值；构型在空间里的“取值方式”。
闭合
切点处主链断口回到肽键量级：C–N ≈ 1.33 Å。
全链冲突
全结构 2.5 Å 内的非局部原子对；跨段与段内一起数。
三态判词
可达 / 不可达 / 不可判；不可判必须带理由与动作码。
档位
按残余冲突分 0 / ≤3 / >3 三档结算，不评分。
复算
同一输入同一输出；PDB ＋ 指标 ＋ SHA256 ＋ 边界。
应用方向
体系是主语，方向是宾语
生命分子
四个真实蛋白：腺苷酸激酶、Ras、HIV-1 蛋白酶、钙调蛋白。已跑通构造、反解与定量对照。
生命不拟合 · 生命在约束下构建
待立项
欢迎带着「给定目标 ⇒ 构造构型」的具体问题来谈；我们按同一套口径评估可行性。
交付案例：五个可复算构型
每个案例都有 PDB、指标与边界；点进去看构造。
AdK 4AKE → 1AKE
RMSD 6.06 Å（模板 7.13）｜0 冲突｜gap 1.34 Å
实验对账：唯一真实构象变化PKA 1ATP（轴旋转 15°）
RMSD 0.25 Å（模板 1.56）｜0 冲突｜gap 1.33 Å
给定位姿构造ABL 2HYY（轴旋转 20°）
RMSD 0.29 Å（模板 2.03）｜0 冲突｜gap 1.33 Å
给定位姿构造EGFR 1M17（轴旋转 20°）
RMSD 0.20 Å（模板 2.93）｜2 冲突｜gap 1.32 Å
≤3 档：残余 2 对CaM 1CLL（轴旋转 25°）
RMSD 0.11 Å（模板 2.15）｜0 冲突｜gap 1.34 Å
给定位姿构造可复核
我们给的不只是结论，是「能复跑」
下载数据
每个案例一份 case.json ＋ 用到的结构文件。
复跑脚本
纯 numpy 的独立实现，跑完与期望输出逐项对照。
口径登记表
哪些是「约定」、哪些是「测量事实」，一页列清。
引擎能力
算子清单与契约门；不公开源码。
实验室与公司
数学构建计算实验室
以代数、几何、拓扑与计算为基本理念，做构型构建的方法与工具。
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