证据与边界
先给数字，再给证书，最后写清不宣称什么。负结果不藏，因为它决定下一步该做什么。
关键数字
| 判据 | 实验结构 | AlphaFold | 结论 |
|---|---|---|---|
| 键长 0.08 Å | 坏键率 1.0% | 15.5% | 15× —— 主门 |
| Rotamer outlier（χ1, 30°） | 2.2% | 6.3% | ~3×，侧链诊断 |
| Cβ deviation（0.25 Å） | 1.0% | 2.7% | ~2.7×，细粒度诊断 |
| clash 2.2 Å | 2.8% | ~2% | 不再区分（修二硫键后） |
数据：180 个实验结构（exp180）vs 100 个 AlphaFold 模型（AF100）；阈值与口径见 BENCHMARK.md。
证书样例
每个结果附统一信封 ke-cert/1{kind, verdict, payload, boundary}，内层是具体证书。四类 kind：
| schema | 回答 | 关键字段 |
|---|---|---|
ke-witness/1 | 合不合法 | verdict（三态）、witness.sha256、checks、boundary |
ke-transition/1 | 能不能变过去 | frames[].sha256、每帧 clash、boundary |
ke-tunnel/1 | 会不会堵 | clearance、exits、pocket 体积、boundary |
ke-cert/1 | 信封 | kind、verdict、payload、boundary |
{
"schema": "ke-cert/1",
"kind": "companion",
"verdict": "infeasible",
"payload": {
"audit": { "schema": "ke-witness/1", "verdict": "infeasible" },
"transition": { "schema": "ke-transition/1","verdict": "feasible" },
"tunnel": { "schema": "ke-tunnel/1", "verdict": "undecidable" }
},
"boundary": ["分列三态不合并", "顶层 verdict = 三态里最坏者"]
}
不宣称什么
- 不宣称「预测蛋白质折叠」——做的是局部构型构造/判定，不是全链折叠预测。
- 不宣称「几何解释结合上位性」——SKEMPI/FireProtDB 上该信号为 null（p=0.85 / 0.31）。
- 不宣称全原子局部构型已达标——全原子仍 1.0–1.1 Å。
- 不宣称「找到唯一最优结构」——只给约束下的合法见证。
- FAPE 只做测量，不进 verdict；Sc 是 SAS 代理，绝对值不可对文献（~0.6）。
外部验证：SKEMPI 621 双突变——上位性 vs CA 距离 5–10 Å 最强、20 Å 外归零（支持局部协调）；FireProtDB 310 单突变——κ 可行性 vs ΔTm 突变级 p=0.009、位点级 p=0.136（弱信号）。