边界与验证
我们明确写哪些成立、哪些不成立。
负结果不藏，因为它决定下一步该做什么。
能力状态
| 能力 | 状态 | 边界 |
|---|---|---|
| 合法见证 / 证书 | 可用 | CA 级；三态；不打分 |
| loop 级 CCD 闭合 | 可用 | 断口 ≤ 4 Å；域级路由 flex |
| DG patch | 可用（密约束） | 稀疏距离 → undecidable |
| κ–τ 地形 | 原型 | 常值切片 / 双残基联合 |
| 全原子局部构型 | 未达标 | 全原子仍 1.0–1.1 Å |
| “协调才有解”外部验证 | 混合 | 见下表 |
数据验证
| 检验 | 结果 | 结论 |
|---|---|---|
| SKEMPI 621 双突变：上位性 vs CA 距离 | 5–10 Å 最强，20 Å 外归零 | 支持局部协调 |
| FireProtDB 310 单突变：κ 可行性 vs ΔTm | 突变级 p=0.009；位点级 p=0.136 | 弱信号 |
| 同上：κ 可行区间宽度 vs ΔTm | Spearman −0.012，p=0.84 | 不成立 |
| SKEMPI 双突变：两位点都不可行 vs 上位性 | p=0.85 | null |
| FireProtDB 稳定性双突变 | p=0.31 | null |
我们不宣称
- 不宣称“预测蛋白质折叠”——做的是局部构型构造/判定；
- 不宣称“几何解释结合上位性”——数据是 null；
- 不宣称全原子局部构型已达标——目前 1.0–1.1 Å；
- 不宣称“找到唯一最优结构”——只给约束下的合法见证。
可复核
每个结果带 ke-witness/1 证书：约束、见证 SHA256、检查项、三态、边界。
命令行：kemol judge / dg / terrain / closure / verify
English summary
What we do not claim: protein folding prediction, a geometric explanation of binding epistasis, or solved all-atom local configuration. Data validation is mixed: distance-epistasis shows a 5–10 Å signal, while double-mutant epistasis is null (p=0.85 / 0.31). Null results are reported explicitly.