◈ KE几何地形

局部构型

局部,不是全局 RMSD。
给一个局部 patch 的硬约束,给一个见证,或者明确说不可行 / 不可判。

loop 闭合

1.33 Å

2.95 Å 断口 → 1.33 Å,核心冲突 0。域级 10 Å 不走闭合,路由到柔性精修。

距离几何 patch

0.02 Å

全对距离重建;稀疏距离只能判 undecidable,不冒充可行。

界面 / 配体口袋

0 冲突

AQ4 口袋:接触 0/0/0、核心 0;界面局部构型同样按见证判。

κ–τ 可行域

3.1%

常 κ/常 τ 切片可行比例;加 3 个接触后清空——可行域是细流形。

看得见:loop 闭合见证

1AKE loop 122–135;青色为局部构型,灰色为固定核心。数据来自实测,不是示意。

能力状态(诚实版)

能力状态边界
局部判定 / 证书可用CA 级;三态
loop 级 CCD 闭合可用断口 ≤ 4 Å;域级不走闭合
DG patch可用(密约束)稀疏距离 → undecidable
κ–τ 地形原型常值切片 / 双残基联合
全原子局部构型未达标CA 0.02–1.3 Å;全原子仍 1.0–1.1 Å
“协调才有解”数据验证混合距离信号正;双突变上位性 null

断口路由

gap路由
≤ 4 Åclosure(CCD + 硬约束)
> 4 Åflex(S7 柔性精修)
> 链长上限infeasible

闭合不是万能的:10 Å 域级错位用 loop 自由度补不上,这是边界,不是“没调好”。

看数据验证与负结果 →
English summary

Local configuration, not global RMSD. Loop-level CCD closes a 2.95 Å gap to 1.33 Å with zero core clashes; gaps above 4 Å are routed to flexible fitting. DG patch works with dense distances (0.02 Å); sparse distances are reported as undecidable. κ–τ terrain is a prototype. All-atom local accuracy is still 1.0–1.1 Å and is marked not met.