局部构型
局部,不是全局 RMSD。
给一个局部 patch 的硬约束,给一个见证,或者明确说不可行 / 不可判。
loop 闭合
1.33 Å
2.95 Å 断口 → 1.33 Å,核心冲突 0。域级 10 Å 不走闭合,路由到柔性精修。
距离几何 patch
0.02 Å
全对距离重建;稀疏距离只能判 undecidable,不冒充可行。
界面 / 配体口袋
0 冲突
AQ4 口袋:接触 0/0/0、核心 0;界面局部构型同样按见证判。
κ–τ 可行域
3.1%
常 κ/常 τ 切片可行比例;加 3 个接触后清空——可行域是细流形。
看得见:loop 闭合见证
1AKE loop 122–135;青色为局部构型,灰色为固定核心。数据来自实测,不是示意。
能力状态(诚实版)
| 能力 | 状态 | 边界 |
|---|---|---|
| 局部判定 / 证书 | 可用 | CA 级;三态 |
| loop 级 CCD 闭合 | 可用 | 断口 ≤ 4 Å;域级不走闭合 |
| DG patch | 可用(密约束) | 稀疏距离 → undecidable |
| κ–τ 地形 | 原型 | 常值切片 / 双残基联合 |
| 全原子局部构型 | 未达标 | CA 0.02–1.3 Å;全原子仍 1.0–1.1 Å |
| “协调才有解”数据验证 | 混合 | 距离信号正;双突变上位性 null |
断口路由
| gap | 路由 |
|---|---|
| ≤ 4 Å | closure(CCD + 硬约束) |
| > 4 Å | flex(S7 柔性精修) |
| > 链长上限 | infeasible |
闭合不是万能的:10 Å 域级错位用 loop 自由度补不上,这是边界,不是“没调好”。
看数据验证与负结果 →English summary
Local configuration, not global RMSD. Loop-level CCD closes a 2.95 Å gap to 1.33 Å with zero core clashes; gaps above 4 Å are routed to flexible fitting. DG patch works with dense distances (0.02 Å); sparse distances are reported as undecidable. κ–τ terrain is a prototype. All-atom local accuracy is still 1.0–1.1 Å and is marked not met.