KE几何地形

批量质量门 · 先给 AF 模型过一遍几何

把一批 AlphaFold / PDB 结构拖进来,逐结构检查:链长、CA 完整性、原子冲突、异常接触。 不判断“折叠对不对”(那要有实验真值),只判断“这个模型几何上能不能用、哪里要先看”。

未选择文件。演示版阈值:0 冲突=可用|1–5=需复核|>5=拒收;正式版跑 9 条判据+四档状态。

文件数0
可用 / 需复核 / 拒收0 / 0 / 0
总耗时—
文件残基CA冲突对结论

正式版跑什么

判据(9 条)

合法带占用 · 手性 · 点云特征 · κ/τ · 多态 · 沟槽 · 界面 · 原子冲突 · 配对

四档状态

成功 / 不适用 / 量不足 / 失败;失败不静默归类,逐条给口径与边界。

吞吐

~1–3 秒/模型;200 个几分钟。输出 JSON + Markdown + 汇总 CSV。

已有战绩

25 个 AF2 激酶模型:d1(RS1–RS2)判非法 13/25,αC 轴必须回实验 7/25; 说明“预测结构直接进下游”之前,几何门确实能拦下一批。

正式批量命令(本机):python mvp/report_card.py --batch <目录> --out <输出>,最多 200 个 PDB。

首跑:100 个 AF2 激酶

AF 门 v2:可用 / 复核 / 拒收30 / 13 / 57
核心 worst50 < 6068 / 100
pLDDT 中位76.5

100 个人类激酶(UniProt KW-0418 reviewed)的 AlphaFold2 v6 模型。 下载 v2 CSV · v1 CSV · 看报告

重要发现:现有 9 判据卡在这批单体上 100/100 都是“5 成功 / 4 不适用”——卡本身不区分好坏; 对外 CSV 改用 AF 专用门:v1 = pLDDT+冲突+链长(53/36/11);v2 再加 核心 worst50、分域 pLDDT、hinge 角 ⇒ 30/13/57。9 判据列保留但标注“不适用多”。

下一步

质量门筛完,再挑 10–20 个做批量构造可行性;两步都过了,才值得进 MD / 实验。