它回答什么，不回答什么
地形扫描和交付构造是两件事；先分清，才不会拿地图当结构。
可达性与路线
目标构象在给定自由度下是否可达；哪条路径最不紧（bottleneck）；卡在哪一段；值不值得进入构造。
不生成结构
不闭合、不收尾、不输出 PDB；不是动力学路径，不给速率；不覆盖未指定的自由度。
示例：AdK 的构型地形
拖动滑块或点热力图格子：看两个域怎么转、余量 φ 与新增接触数怎么变。441 格全部由引擎算出。
这是两自由度扫描（地形）：只算余量 φ 与路径，不闭合、不收尾、不输出 PDB。 给定目标位姿的交付构造见 构造页——两者不是同一套方法。
CA 主链：灰 = CORE（不动）｜青 = LID｜黄 = NMP；淡点 = 闭合态（目标）
21×21 格点：颜色 = 余量 φ（越亮越紧）；白线 = 最优路径；白框 = 当前格子
- φ
- —
- 新增接触（唯一对）
- —
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数据 data/adk/view.json（引擎导出）｜复跑 data/adk/repro.py（纯 numpy 独立实现，逐点偏差 0.00e+00）
怎么算
四步，全部是几何量；不跑时间、不用能量。
选自由度
指定两个铰链（如 LID / NMP）与范围、步长；只扫你关心的两个角。
网格扫描
21×21 = 441 格；每格做几何计算，得到余量 φ 与新增接触数 n_new。
最短路
8 邻域 Dijkstra，边权 = 变紧量；得到从开放到闭合的最优路径。
读瓶颈
路径上 φ 的最小处就是卡点；结合 n_new 判断是“紧”还是“撞”。
怎么读图
越亮越紧
颜色 = 余量 φ；越亮表示越紧（接近 0 或负值）。
最优路径
从 (0,0) 到 (20,20) 的最短路；白框 = 当前格。
读数只有两个：φ（余量）与 n_new（新增接触唯一对）。前者看“还有多少余地”，后者看“有没有撞上”。
和交付构造的关系
地图负责“要不要造、从哪条路造”；构造负责“把结构做出来”。
7 秒看可行性
扫描 → 路径 → bottleneck；不可达就停，不进入构造。
30 秒–3 分钟出结构
6-DOF ＋ 闭合 ＋ OpenMM 收尾；输出 PDB 与指标。
规格与边界
| 输入 | 模板 PDB ＋ 两个自由度的定义（铰链、范围、步长） |
|---|---|
| 输出 | view.json（φ / n_new / 最优路径）、热图、bottleneck；不输出 PDB |
| 耗时 | 441 格约 7 秒（单核；随格点数线性增长） |
| 复算 | repro.py 独立实现，逐点偏差 0.00e+00 |
| 边界 | 只扫指定自由度；φ 是余量，不等于全链冲突；路径是几何最短路，不是动力学路径；不含能量 |
想把你的结构做成地形？提交（内测），附 PDB 与两个铰链的定义即可。