几何审计

这里其实有两条线，不能混： 分级门（AF 门 v2：pLDDT / worst50 / 冲突）给可用 / 复核 / 拒收； 严格见证（validate：CA–CA 3.8 ± 0.08 Å，任一违例即 infeasible）给证书。下面演示的数值都来自 100 个 AF2 激酶的实跑。

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示例来自 AF100 实跑的分级门 v2；上传的文件只列文件名，不在浏览器里计算。正式版跑 9 条判据 + 四档状态。

文件	结论	pLDDT	worst50	冲突
还没有文件。

判据：分级门 vs 严格见证

层	判据	阈值	结果
分级门 v2	pLDDT、核心 worst50、分域 pLDDT、hinge 角、冲突	见下方说明	可用 / 复核 / 拒收
严格见证 `validate`	CA–CA 键长	3.8 ± 0.08 Å，任一违例	`feasible` / `infeasible` / `undecidable`
诊断	rotamer / Cβ / 冲突 / 包装	不进 verdict	只给读数

实跑结果：100 个 AF2 激酶在 validate 下 100/100 infeasible（0.08 Å 太严，几乎所有模型都有违例）；分级门 v2 给 30 / 13 / 57。所以 validate 用于「证书/见证」，不用于「筛模型」。

分级门 v2 的阈值

档	条件
拒收	冲突 > 20，或 pLDDT < 60，或 worst50 < 45
需复核	冲突 > 5，或 pLDDT < 70，或 worst50 < 60，或分域 pLDDT < 60
可用	以上都不触发

v2 不含键长；键长是另一条严格判据（validate）。这正是为什么 30/13/57 与 100/100 infeasible 可以同时成立。

证书样例（validate，O00329.pdb 实跑）

{
  "schema": "ke-cert/1",
  "kind": "witness",
  "verdict": "infeasible",
  "payload": {
    "schema": "ke-witness/1",
    "problem": { "file": "O00329.pdb", "kind": "model_validation" },
    "verdict": "infeasible",
    "checks": {
      "residues": 1044,
      "bad_ca_bonds": 32,
      "bad_bond_rate_pct": 3.07,
      "breaks": 0,
      "hard_clashes_ref": 0,
      "rotamer_outliers": 14
    },
    "witness": { "sha256": "83da5d5577de…" }
  },
  "boundary": ["主门 CA–CA 3.8 ± 0.08 Å", "no energy", "no scoring"]
}

复核：python kemol.py verify --cert cert.json --pdb O00329.pdb。篡改任一 checks 或换 PDB，退出码非 0（已实测）。

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发一个目录或 20 个 PDB ID 到 sunke@xingyimeiya.cn，48 小时内返回逐结构结论 + 汇总 + 证书样例。

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