案例：100 个 AF2 激酶，AF 门 30 / 13 / 57
不是评 AlphaFold 准不准，而是回答一个更实际的问题：这批模型能不能直接进下游？如果不行，卡在哪。
30可用（几何上能进下游）
13需复核（局部要先看）
57拒收（键长/冲突/核心区）
100 个人类激酶（UniProt KW-0418 reviewed）的 AlphaFold2 v6 模型；门 v2。v1（pLDDT + 冲突 + 链长）是 53 / 36 / 11。
一 · 两版门，差在哪
| 版本 | 判据 | 可用 / 复核 / 拒收 |
|---|---|---|
| v1 | pLDDT 中位 + 原子冲突 + 链长 | 53 / 36 / 11 |
| v2 | v1 + 核心 worst50 + 分域 pLDDT + hinge 角 | 30 / 13 / 57 |
v2 更严：把「全局看起来还行、但核心区局部几何坏」的模型挑出来。对下游来说，这类模型比整体低置信度更危险。
v2 不含键长。键长是另一条严格判据（validate：CA–CA 3.8 ± 0.08 Å，任一违例即 infeasible）；
同一批 100 个模型在 validate 下 100/100 infeasible。所以「30/13/57」是分级筛模型，「100/100」是严格见证，两者不矛盾。
二 · 关键发现（含负结果）
| 发现 | 数字 | 含义 |
|---|---|---|
| 9 条通用判据在单体上不区分 | 100/100 都是「5 成功 / 4 不适用」 | 诊断项不能当筛选门 |
| clash 修二硫键后不再区分 | AF ~2% vs 实验 ~2.8% | 不能靠 clash 判 AF |
| 键长（validate，不进 v2） | AF 15.5% vs 实验 1.0%（0.08 Å）；100/100 AF 模型 infeasible | 15×，严格见证用它，不用于分级 |
| 25 个激酶的早期批次 | d1（RS1–RS2）判非法 13/25；αC 轴必须回实验 7/25 | 几何门确实能拦下一批 |
负结果写在这里，是因为它直接决定门怎么设计：如果拿 clash 当主判据，会把实验结构和 AF 一起误伤。
三 · 一次审计交付什么
| 文件 | 内容 |
|---|---|
cert.json / 逐结构 | ke-cert/1：三态、判据、sha256、边界 |
summary.csv | 文件 × 结论 × 理由（哪条判据、哪个残基） |
report.md | 人读版：可用/复核/拒收清单 + 优先看哪里 |
verify.sh | 用原始 PDB 复跑证书 |
四 · 不宣称
这不是 AF 的精度评测（没有实验真值对照）；不判断「折叠对不对」；不预测活性/亲和力；样本是激酶单域，结论不外推到复合物/膜蛋白。