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快速开始、证书结构、verify 做什么、公开算子表。所有结果都是三态 + 见证 + 边界，不打分、不排名。
快速开始
# 1. 单个结构：三态 + 证书（--grade 追加 pass/review/reject） python kemol.py validate 2ITY.pdb --out cert.json python kemol.py validate 2ITY.pdb --grade --out cert.json # 2. 复核：用原始 PDB 重算，检查证书是否仍成立 python kemol.py verify --cert cert.json --pdb 2ITY.pdb # 3. 批量：目录进，summary.csv + 逐结构证书出 python mvp/report_card.py --batch ./models --out ./audit_out
批量版最多 200 个/次（本机）；更大批量走 API 或分批。所有命令在本机跑，不上传结构。
validate 是严格见证：CA–CA 3.8 ± 0.08 Å，任一违例即 infeasible；实测 100 个 AF2 激酶 100/100 infeasible。
分级筛模型请用 AF 门 v2（pLDDT / worst50 / 冲突），见 审计页。
证书结构
每个结果是一个统一信封 ke-cert/1，内层是具体证书：
| 字段 | 含义 |
|---|---|
schema | 固定 ke-cert/1 |
kind | witness / transition / tunnel / companion |
verdict | feasible / infeasible / undecidable（三态不合并） |
payload | 内层证书（ke-witness/1 等）+ 检查项 |
boundary | 这份证书成立的前提与不适用场景 |
{
"schema": "ke-cert/1",
"kind": "witness",
"verdict": "feasible",
"payload": {
"schema": "ke-witness/1",
"problem": { "pdb": "1A9N.pdb", "cut": 4.0 },
"verdict": "feasible",
"checks": {
"n_atom_pairs": 591,
"gap_median": 3.13,
"frac_base_contacts": 0.76,
"frac_backbone_contacts": 0.24
},
"witness_sha256": "…"
},
"boundary": ["接触阈值 4 Å", "不含能量/亲和力"]
}
verify 做什么 / 不做什么
| 做 | 不做 |
|---|---|
| 用原始结构重跑判据，核对证书里的检查项 | 不判断生物学结论是否正确 |
| 核对见证/文件的 sha256 | 不替代实验验证 |
证书不成立时明确报 infeasible 或 undecidable | 不把失败静默归到「成功」 |
python kemol.py verify --cert cert.json --pdb 2ITY.pdb # witness：重算 verdict + 核心 checks；0 = 成立，1 = 不成立 # transition / tunnel：目前只核哈希，未重算；返回 2（不冒充通过）
| kind | verify 做什么 | 退出码 |
|---|---|---|
witness | 重算 verdict 与 bad_ca_bonds / rate / breaks / clash / rotamer，并核 sha256 | 0 / 1 |
transition / tunnel | 只核 sha256；尚未重算 | 2 |
公开算子
只列名字与用途，不公开实现。完整 60+ 算子按合同开放。
| 算子 | 回答 | 输出 |
|---|---|---|
validate | 结构合不合法？--grade 加分档 | ke-witness/1 |
judge / terrain | 合法域与地形 | ke-witness/1 |
closure | 断口能不能闭合？ | ke-witness/1 |
transition | A 能不能变到 B？给路径 | ke-transition/1 |
tunnel | 通道会不会堵？ | ke-tunnel/1 |
build / loop | 骨架 + χ → 局部结构 | 结构 + 证书 |
pack / repair | 侧链重排 / 局部修复 | 结构 + 证书 |
design-pocket | 反向设计口袋 | 候选 + 解空间 |
pocket-invert-audit | 设计结果审计 | 证书 |
design-ensemble | 集合目标（简并度） | 证书 |
na-interface | 蛋白-核酸界面几何 | 证书 |
local-build | 局部构建 | 结构 + 证书 |
verify | 证书复核 | 退出码 + 原因 |
版本与边界
页脚标数据版本与引擎修订戳；证书与案例文档同源。算子只回答几何可行性，不碰能量、不打分；undecidable 是正常输出，不是错误。